Bowtie 2 是一个超快速且内存高效的工具，用于将测序读段对齐到长参考序列。它特别适合将大约50到100个字符长度的读段对齐到相对较长的基因组（例如哺乳动物基因组）。Bowtie 2 使用 FM Index（基于 Burrows-Wheeler变换 或 BWT）来保持其内存占用量小：对于人类基因组，其内存占用通常约为3.2 GB RAM。Bowtie 2 支持带有仿射间隙惩罚的有间隙对齐、局部对齐和配对末端对齐模式。可以同时使用多个处理器来实现更高的对齐速度。

BWA (Burrows-Wheeler Alignment Tool) 是一个用于将短序列读段比对到大型参考基因组的软件包，如人类基因组。

Samtools 是一套用于操作 SAM (Sequence Alignment/Map)、BAM 和 CRAM 格式文件的工具集。它能够转换格式、排序、合并和索引，还可以快速检索任何区域的读段。

冬天的傍晚，总是来得格外安静。屋子里暖黄的灯光铺在书桌上，映照着散乱的纸张和半杯已经凉透的茶。我坐在窗前，手里握着一本没翻几页的书，目光却早已飘向窗外。

前些天毕业设计的第一部分终于完成，也许是敲代码敲烦了，这俩天全然没有推进的动力，倒是想看看书，写写东西。