Arriba 基于 STAR，不改变常规比对结果；一次 STAR 比对即可同时获得常规 RNA-seq 比对和融合检测所需的嵌合比对。相比常规比对只增加少量运行时间。

为了缩短流程测试时间、降低计算资源消耗，可以从完整的双端测序数据中随机抽取一定比例的 reads，生成较小规模的测试数据集。

推荐创建独立环境：

Bowtie 2 是一个超快速且内存高效的工具，用于将测序读段对齐到长参考序列。它特别适合将大约50到100个字符长度的读段对齐到相对较长的基因组（例如哺乳动物基因组）。Bowtie 2 使用 FM Index（基于 Burrows-Wheeler变换 或 BWT）来保持其内存占用量小：对于人类基因组，其内存占用通常约为3.2 GB RAM。Bowtie 2 支持带有仿射间隙惩罚的有间隙对齐、局部对齐和配对末端对齐模式。可以同时使用多个处理器来实现更高的对齐速度。

BWA (Burrows-Wheeler Alignment Tool) 是一个用于将短序列读段比对到大型参考基因组的软件包，如人类基因组。

Samtools 是一套用于操作 SAM (Sequence Alignment/Map)、BAM 和 CRAM 格式文件的工具集。它能够转换格式、排序、合并和索引，还可以快速检索任何区域的读段。